El Club Deportivo Trasandino de Los Andes nace el 1 de abril de 1906, fundado por los trabajadores del Ferrocarril Trasandino, de donde proviene el nombre del club. El equipo formó parte de los intentos de los ingleses por masificar el fútbol en Chile, siendo uno de los clubes pioneros en llevar a la práctica este deporte en la Quinta Región interior.
Trasandino comenzó a participar en la Segunda división chilena, de la cual es uno de sus fundadores. En 1961 el club terminaba el Torneo del Ascenso en el Tercer lugar y ascendía por derecho propio. Pero la Asociación Central de Fútbol decidió que fuera Magallanes el ascendido a pesar que los carabeleros habían ocupado sólo en quinto puesto. Sin embargo logra subir a Primera División en el torneo de 1982 derrotando a Malleco Unido en el Estadio Ferroviario (antiguo estadio del club). Fue una alegría muy fugaz para los andinos, ya que tras dos temporadas caen a la segunda división en 1984.
Luego de una gran campaña, Trasandino sube nuevamente a la división de honor en 1985, ahora en calidad de campeón, al derrotar en partido definitorio a Fernández Vial en Talca. Ese mismo año Codelco se hace cargo del equipo, pasándose a llamar Cobreandino de Los Andes.
Paralelamente al club, comenzó a competir Casa Anny (fundado en 1978), que se llamaría después Provincial Los Andes. Al toparse ambos equipos en la Tercera División, la ANFA determinó que debían unirse Cobreandino y Provincial Los Andes, entonces se fusionaron en 1992, tomando el nombre de Deportes Los Andes, nombre que permaneció hasta 1998, cuando después de una votación por los socios se cambia por el actual nombre de Trasandino.
En la temporada 2005, estuvo a punto de ascender a segunda división, pero en la última fecha empató de visita 1-1 contra Municipal Iquique, mientras que Curicó Unido, que lo escoltaba hasta la última fecha, goleó por 4 a 0 a Iberia de Los Ángeles.
Es el tercer club de Chile en conseguir la denominación de Sociedad Anónima, la consigue en 1998, pero dura hasta el año 2003.
En enero de 2008 el ex seleccionado chileno Iván Zamorano, se muestra interesado en comprar el club. Cabe señalar que él comenzó su carrera profesional en este club, cuando por entonces se llamaba Cobreandino de Los Andes y fue el goleador de Segunda División.
Nombres del club en su historia
Trasandino (1906-1985)
Cobreandino (1985-1992)
Deportes Los Andes (1992-1998)
Trasandino (desde 1998)
